治療生殖器皰疹比較有效的藥物，分為抗病毒藥物、對症治療的藥物以及其它輔助藥物。抗病毒藥物又分為口服和外用，口服的常有泛昔洛韋、伐昔洛韋、阿昔洛韋等，按照療程服用即可。局部可以使用噴昔洛韋乳膏進行外塗，輔助治療皰疹。對症治療的藥物主要是止痛為主，皰疹少數人會出現比較明顯的疼痛，可以使用布洛芬或者洛芬待因來口服止痛，疼痛比較嚴重時也可以使用加巴噴丁，這是一種比較強效的鎮痛藥物。

輔助用藥常用於皰疹合併細菌感染或者黴菌感染的時候，常用的有美多信、百多邦、匹得邦、達維邦，抗真菌感染的有咪康唑或者克黴唑乳膏。生殖器皰疹主要由性接觸傳播，有少部分人是間接傳染，因此其配偶或者性伴侶應該同期進行檢查，如果也有皰疹，應該同時進行治療，以免雙方互相反覆發生交叉感染。