目前卵巢腫瘤的具體發病原因尚不明確，有大概5%-10%的上皮來源性卵巢腫瘤，與遺傳、家族有關，即與基因有關的基因突變。其他的卵巢腫瘤是發生於卵巢各層組織分化而來的腫瘤，不同的分化方式會形成不同的腫瘤。例如從上皮分化而來，就稱為卵巢上皮性腫瘤，從性索間質分化而來，就稱為性索間質腫瘤。

另外包括生殖細胞性腫瘤和其他類型，例如由特殊間質分化而來的腫瘤。還有部分卵巢腫瘤是轉移造成，例如輸卵管癌，轉移來的卵巢惡性腫瘤。還有胃腸道腫瘤，出現一種特殊的轉移，到卵巢形成卵巢腫瘤。由於卵巢腫瘤發生種類較多，源於卵巢的各層組織，會發生不同類型的腫瘤，所以臨床表現也各不相同，治療以及預後區別也較大。