畸胎瘤的治療手段主要是手術治療，分為微創腹腔鏡手術和開腹傳統手術兩種方式。多數情況下，良性畸胎瘤可以選擇微創，如果術前考慮可能為惡性或微創手術難以完成，才選擇開腹手術。除手術治療以外，如果畸胎瘤小於五釐米，生長速度緩慢，常年變化較小，完全沒有臨床症狀，可以保守觀察。

但目前無任何藥物能夠治療畸胎瘤，保守治療期間需要定期隨訪。因為畸胎瘤一般不會變化，如果定期隨訪過程中畸胎瘤增大，尤其是絕經以後婦女出現畸胎瘤，建議進行手術。