重度甲溝炎主要由於指甲旁軟組織一直受到局部過度生長的指甲刺激引起，此時需要進行手術治療，並且要保證在將來很長一段時間內引起局部炎症反應的指甲不再生長，這樣才能夠達到除根的目的。
重度甲溝炎患者進行手術要有一定的選擇性，單純進行部分指甲甚至全部指甲的去除，往往也達不到治癒本病的目的。手術一般以部分指甲去除加局部甲床損毀為主，局部甲床損毀非常重要，其為保證除根的主要步驟。重度甲溝炎患者局部一般會出現明顯的軟組織增生，在手術過程中也需要將這些增生組織完全去除。術後患者需要定期換藥，保證傷口創面癒合，避免局部感染的發生，大概需要1周，局部創面會基本恢復，達到治癒的目的。
平時可以通過良好生活習慣的養成來預防重度甲溝炎的發生，如避免指甲出現外傷、局部感染，避免穿著較緊的鞋子，注意修剪指甲的方式要正確等。