兒童畸胎瘤發生部位不同，症狀不同，臨床常見以下發生部位：

1、骶尾部：骶尾部畸胎瘤有四種類型，骶尾部畸胎瘤Ⅰ型和骶尾部畸胎瘤Ⅱ型長在外面，肉眼可見骶尾部包塊。骶尾部畸胎瘤Ⅲ型和骶尾部畸胎瘤Ⅳ型長在內部，可能會導致大小便障礙；

2、睪丸：睪丸畸胎瘤通常有睪丸包塊，如果發現睪丸包塊，要及時到小兒腫瘤外科就診；

3、卵巢：卵巢畸胎瘤可能會引起腹部不適，如腹部間歇性疼痛，要及時就醫。如果卵巢畸胎瘤發生扭轉、破裂等，屬於急腹症，需要立即急診；

4、縱隔：長在縱隔的畸胎瘤，通常會壓迫，引起呼吸困難或咳嗽等；

5、腹膜：腹膜後畸胎瘤比較隱匿，體檢時可通過腹部超聲發現。