畸胎瘤的發生部位可以是胸腔、腹腔、盆腔、骶尾部等中線部位，還包括性腺，如卵巢和睪丸。如果兒童畸胎瘤的發生部位不是性腺，通常對生育沒有影響。但如果某些極端的情況，如雙側的卵巢和睪丸發生腫瘤，可能影響生育，常見情況如下：

1、雙側卵巢均存在惡性腫瘤的女孩，經過手術治療後，雙側卵巢可能被去除，從而影響生育；

2、雙側睪丸腫瘤的男孩，相對罕見的極端情況，也可能影響生育；

3、治療惡性腫瘤時可能使用大劑量的環磷酰胺，可能對男孩睪丸，以及生精細胞造成影響，可能導致男孩發生無精子症，也可能影響生育。

生育是較為複雜的問題，部分人既沒有發生過畸胎瘤或其它腫瘤，也有可能無生育能力。因此不代表存在卵巢和睪丸，便能夠生育。