畸胎瘤大部分無特異性臨床症狀，多數患者是在B超檢查中才偶然發現。良性畸胎瘤裡含有很多種成分，包括皮膚、毛髮、牙齒、骨骼、油脂、神經組織等。惡性畸胎瘤分化欠佳，沒有或少有成形的組織，結構不清。

此外，畸胎瘤會造成卵巢重心發生偏移，部分患者會由於劇烈活動或者體位的改變，造成腫瘤破裂、扭轉，患者就會出現嚴重的急腹痛。也有部分畸胎瘤會影響人體激素的分泌，導致患者月經紊亂。