若小孩因消化不良引起發燒，首先要控制體溫，儘量不選擇對胃腸道造成過重負擔的退燒藥物。

此外要結合孩子的表現，如有無大便乾結，或近期大便的情況。如果孩子出現厭食或腹脹的情況，要根據具體情況使用利於消化、促進排便的藥物。常使用的治療藥物為健胃消食片或保和丸。如果孩子最近出現大便乾結，也可以適當選擇導赤丸或小兒導赤片，促進大便排洩。