小腸上部膽汁、膽紅素、膽綠素呈黃綠色，到結腸時膽綠素被菌群還原成膽紅素，大便變成黃色。若腸道蠕動很快，膽綠素來不及被還原成膽紅素，就會出現綠色大便。母乳餵養時糞便偏酸性，因氧化性細菌的作用可氧化為膽綠素，膽綠素過多使大便呈金黃色並略帶綠色。部分嬰兒因為沒有吃飽，飢餓會使腸道蠕動加快而出現綠色的大便，這種情況只需要增加奶量，讓嬰兒吃飽就可以。
受涼也會導致腸蠕動過多、過快，也是產生綠色大便的常見原因之一。受涼引起的綠色大便可能還有感冒的症狀，若只有綠色大便則要注意腹部保暖。尤其是在晚上，過幾天就會恢復。若有感冒症狀，應同時對感冒進行治療，母乳餵養的患兒排綠色大便，若嬰兒吃奶好，全身情況正常，這時可不做處理。其原因可能是小嬰兒腸道功能不健全，是暫時現象。若隨著嬰兒長大綠色大便次數增多並出現腹瀉，應到醫院檢查大便。