子宮內膜異位症臨床建議治療，因為子宮內膜異位症是異常的子宮內膜異位，經過很多年以後有可能會發生癌變，而且容易癌變，容易導致透明細胞癌，是一種惡性程度比較高的癌症，尤其在卵巢部位，會形成子宮內膜異位囊腫，也叫巧克力囊腫。巧克力囊腫不僅僅侵蝕卵巢，也可以導致卵巢和周圍組織的粘連，粘連輸卵管、子宮，而且逐漸長大，也有破裂的可能，這些都不能放任不管。

如果有子宮內膜異位症，只要形成至少3-4cm以上的囊腫都建議做腹腔鏡手術去除。子宮內膜異位症還可以異位到盆腔的腹膜、腹壁的腹膜或其它部位，盆腔的腹膜也是常見的子宮內膜異位症的表現，這種會形成更復雜的病症，如異位到腹膜且侵蝕到輸卵管，從而導致輸卵管的不通，還有異位到腸表面形成腸道的梗阻，都是可以見到的症狀。異位到盆腔道格拉斯窩，可以形成性交痛，形成一系列的粘連，這些最好給予手術的糾正，避免長期逐漸發展到惡變的程度。