子宮內膜異位症是良性疾病，一般不會導致患者死亡，但是會嚴重影響患者的生活質量。

子宮內膜異位症的病灶可以向深部組織浸潤，導致患者出現嚴重的痛經，甚至導致子宮內膜異位到直腸，引起劇烈腹痛，甚至出現便血，從而影響患者的生活質量。此時往往需要進行手術治療，術後再配合藥物處理，防止子宮內膜異位症復發。如果病變累及直腸，則可能需要切除一段腸管。