子宮內膜異位症具體的病因及發病機制目前醫學上仍十分不明確，但最常見的有以下幾種經典的學說與理論：

1、異位種植學說：其較為受尊重，即通常所說的經血逆流的學說。在月經期的時候，子宮內膜的組織通過經血逆流，由輸卵管進入到盆腔，播散於盆腔的各個部位，並且在此基礎上黏附、侵襲血管生成，使得病灶產生，同時子宮內膜也通過靜脈以及淋巴向遠處播散。因此，盆腔環境的改變和異位症的發生是密切相關的；

2、體腔上皮生化學說：是由於體腔上皮，比如卵巢表面上皮或者盆腔的腹膜，受到經血慢性炎症的不斷刺激之後，激活轉變為子宮內膜樣的組織，故而致病；

3、誘導學說：為第二種學說的延伸。通常是指體內的一些生化因素的作用下，沒有分化的腹膜組織轉變為內膜組織，從而形成病灶；

4、遺傳學說：因為研究發現，該種疾病具有家族的聚集性。當患者一級親屬中患有該種疾病，女性的發病率為普通正常人群的7-10倍，同時一些異常的免疫調節及異常的免疫表達均會導致子宮內膜異位症的發生。