子宮內膜異位症特殊的表現與出現的部位有關，通常而言這些特殊表現一般就是盆腔以外的部位出現跟隨月經來潮的一些週期性的變化，比如局部的疼痛、出血、包塊等等。例如異位病灶位於腸道，則可能出現週期性的少許便血、腹痛、腹瀉、便秘等等各種情況。如果是手術部位的病灶，則可能出現週期性的疤痕處疼痛，甚至在疤痕部位深部有觸痛性的包塊，常見的即剖腹產的手術疤痕疼痛，在月經來潮時出現。有時位於肺部的疾病，也是可能出現週期性的咯血，一般也是跟月經週期有關係。但是當病灶侵犯到輸卵管，有的時候可能會出現腰痛、血尿，甚至腎盂積水，繼發性的腎臟萎縮等等各種情況。