子宮內膜異位症的治療通常強調的是個體化的差異，對於程度特別輕微的患者，可定期隨訪，不做特殊的處理。如果有痛經的患者，可以使用一些前列腺素的抑制劑去緩解痛經疼痛。但是對於有生育要求的患者，一般不主張慢慢的等待，而是儘量及早建議去計劃妊娠。剩餘的絕大部分患者一般常見的處理方法分為藥物治療及手術治療兩種方式。第一種，藥物治療，藥物治療的原理一般即為了降低或者抑制體內週期性的激素升高，如使用一些口服的避孕藥、人工合成的高效孕激素、促性腺激素釋放激素等等一些。但是當藥物治療的效果不理想，局部的症狀加重，比如卵巢巧克力囊腫增大或者長時間不孕的時候，則可以考慮手術治療，一般首選的是微創手術腹腔鏡。由於腹腔鏡創傷小，恢復快，同時術中可以為該種疾病的分期進行生育指數的評分，這樣對於有生育要求的女性，術後生育的指導有相當重要的價值。因為該種疾病手術只能夠將肉眼所看到的病灶進行清除，但一些極其微小的病灶，無法完全清除，故而手術後易復發，多半是半年到一年後。因此，對於有計劃生育要求的女性，建議術後儘量到正規的生殖專科進行指導生育的檢查，以免錯失術後的黃金懷孕時間。而對於那些範圍極大的患者，在術前可以先考慮藥物預處理，縮小病灶後方便手術。