子宮內膜異位症引起不孕的原因比較複雜。第一個原因可能是由於子宮內膜異位的病灶，位於卵巢或者子宮韌帶、盆腔腹膜時，卵巢上的實性病變，或者影響卵巢的排卵，黃體功能不足，同時可以引起輸卵管、卵巢的粘連，盆腔周圍的粘連，影響到精、卵結合。同時子宮內膜異位症本身的免疫異常表達以及炎性因子的表達，整體可以破壞受孕的大環境，故而會導致不孕症的發生。子宮內膜異位症一般好發的年齡通常是在生育期的女性，所以對於合併不孕症的女性，通常會帶有這樣的疾病就診。對於這樣的女性，正常人群一般是1%-10%的發病幾率，而對於合併子宮內膜異位症不孕患者的女性，一般主張儘快就診治療，而不建議慢慢的治療。