子宮內膜異位症中的卵巢巧克力囊腫是臨床常見的一種卵巢腫瘤，通常手術病理都是以良性為主，一般鏡下即見到子宮內膜間質細胞便可診斷異位病灶，極少數發生惡變，其發生率小於1%。發生惡變的機制目前而言在醫學上並不清楚，但是在日常的臨床工作中，對於複發性的子宮內膜異位症一般要警惕惡變的可能性。因為有時由於一次手術後，二次復發基本上不再考慮手術治療。通常而言，對於體積過大的囊腫，必要時需要進行囊腫穿刺，送檢病理，以防止惡發的可能性。子宮內膜異位症巧克力囊腫，通常而言手術的效果比較好，但是對於是否完全徹底根治，各種情況是不同的。因為一般其複發性比較高，所以對於巧克力囊腫術後的患者，通常主張的不是一味用藥物治療或者慢慢等待，通常建議如有生育要求，應儘快妊娠。