卵巢巧克力囊腫本身是一種激素依賴性的疾病，隨著體內月經週期的改變，卵巢內激素的調節受到各種因素刺激，囊壁及囊內的出血情況反覆出現，故而一般不會自動消失。但是如果使用一些激素抑制藥物，或者在一些特殊時期，如絕經期、妊娠期，囊腫可能因為失去激素的刺激，使病灶縮小。通常而言，卵巢巧克力囊腫一般可以考慮藥物和手術治療兩種方式。對於藥物治療而言，通常其適應症是對於卵巢囊腫比較小，沒有生育要求，且症狀不明顯的患者所進行的。而對於有生育要求的女性，如果年輕、功能好的情況下，囊腫的體積較大時，一般主張手術治療後積極妊娠。