子宮內膜異位囊腫可分開理解，即首先發生子宮內膜異位，之後發生囊腫。子宮內膜正常情況應位於子宮腔內，異位後則出現於子宮腔外，又稱子宮腔以外子宮內膜囊腫，最常見的發生於卵巢部位，異位的子宮內膜應無功能或不該出現於該位置，但隨女性生理週期激素變化，依然表現出血癥狀，局部因出血無法正常排出，逐漸形成積血，即子宮內膜異位囊腫或巧克力囊腫。