禿髮性毛囊炎的根治方法，要根據兩個步驟進行治療。

一、積極的治療原發疾病，出現毛囊炎性的皮疹，說明毛囊皮脂腺附屬器出現炎症反應導致，需要口服鹽酸米諾環素膠囊或者阿奇黴素幹混懸劑，外用克林黴素磷酸酯凝膠或者夫西地痠軟膏塗抹。還可以配合應用半導體激光、氦氖激光、脈衝激光照射，促進局部炎症的消退。

二、促進毛髮的生長，由於炎症可以破壞毛囊，造成毛囊出現瘢痕，引起禿髮，不易再生長，此時可以選擇米諾地爾酊塗抹，也可以應用308nm準分子激光照射，加強抗炎、恢復皮膚的療效。