HPV取樣時會用一個較小且柔軟的宮頸刷在宮頸部位順時針轉幾圈，一般不會對宮頸造成損害，即使有損害也很小。部分女性的宮頸可能有急性或慢性炎症，如宮頸糜爛，此時在取樣過程中可能發生少量出血，或取樣後陰道流出褐色液體或分泌物。

建議體檢者取樣後的2天避免同房，防止出現上行感染或局部出血過多的情況。即便有出血，也無需進行任何治療和處理，宮頸有一定自我修復能力，受到月經週期激素水平影響，一次月經後基本可以恢復到取樣以前的狀態，因此HPV取樣不會對宮頸造成損傷。