胚胎發育不良的原因較多，主要原因如下：

1、卵子、精子質量較差：在採用輔助生殖技術過程中，部分患者可出現胚胎發育不良，主要包括髮育遲緩、發育停滯以及出現大量胚胎碎片等；

2、胚胎和胎兒染色體異常：胚胎種植入子宮腔內著床後，部分患者因為胚胎發育不良導致生化妊娠或早期流產；

3、其他原因：女性內分泌異常、子宮異常，甚至全身性疾病，如嚴重感染、高熱、強烈應激與不良反應等，都是導致宮腔內胚胎發育不良的原因。男性精子質量較差、精子畸形率高，如長期飲酒、吸菸等不良習慣導致精子畸形率，可引起妻子發生早期胚胎發育不良，出現流產。建議備孕時戒除吸菸飲酒等不良嗜好，降低流產風險。