胚胎質量較差可能導致孕酮低。胚胎著床後滋養細胞能合成多種激素，其中絨毛膜促性腺激素，即HCG是重要激素，HCG能維持黃體功能，促使月經黃體轉化為妊娠黃體，促進雌激素、孕激素分泌，從而進一步維持妊娠。如果胚胎質量較差，滋養細胞合成HCG量減少，可能導致孕激素分泌減少，抽血檢測表現為孕酮值低。

注意孕酮低是胚胎發育不良導致的結果，並非流產原因。