消化內鏡檢查為內鏡通過自然腔道進入器官內部，對人體消化道的各個部位進行內鏡檢查。雖然消化道從口腔開始直到肛門是連續的，但是不同部位需不同種類的內鏡。

消化內鏡包含胃鏡、腸鏡、十二指腸鏡、超聲內鏡、超聲腸鏡、超聲胃鏡，雙氣囊小腸鏡和膠囊內鏡。如今較進步的消化內鏡為膠囊內鏡，即把膠囊內鏡直接吞進消化道內，其通過胃腸道的蠕動進行自動拍攝。