小兒尿道下裂主要是根據手術之前形態，或者手術中陰莖伸直後形態進行分類，現在按照手術之前形態進行分類比較多，可以分為遠端型、中間型以及後端型。所謂遠端型，是尿道開口在陰莖頭、冠狀溝以及冠狀溝下型。

如果開口在陰莖中段，稱為中間型。如開口在根部、陰囊或者會陰部，就稱之為後端型。尿道開口越靠近會陰，預示伴發的畸形會越嚴重，手術難度越大，分裂越靠近陰莖根部，越會伴發有陰莖下彎，又會伴有前列腺囊以及陰莖發育問題，手術難度、手術分類、手術技巧要求更高。