小兒尿道下裂的發病原因比較複雜，有先天性因素，先天性因素往往是胚胎時期染色體畸變、變異，導致的尿道下裂。另外就是環境因素，比如孕早期的時候，接觸到有機磷類化學物質，或者雌激素、類雌激素等化學物質，會影響到新生兒尿道的正常發育，導致尿道下裂。還有孕早期的時候，胚胎需要保胎治療，用了大量的雌激素、孕激素之類的保胎藥，也會導致尿道下裂的發生。臨床上都是經常常見的幾種原因。尿道下裂原因比較複雜，如果是想懷孕要小孩的年輕父母，頭一胎或者是家族裡有這種病人的孩子的時候，要注意孕早期的時候不要亂用藥，雌激素不能接觸，然後老的洗衣粉有機磷，還有老的農藥，敵敵畏、六六粉，含有機磷比較多的都不能接觸的。尿道下裂在農村不發達地區發病率最高。遠高於城市，跟不良的使用農藥，接觸到類雌激素類的東西都有很大的關係，如果要避免，必須從源頭上注意避免的這個問題。