新生兒尿道下裂治療時，依據尿道下裂的程度不同選擇不同的手術方法。目前一歲以上患兒，輕度尿道下裂手術成功率在70%左右，但術後可能出現併發症如尿道瘻、尿道狹窄、術後尿道狹窄、術後尿道稀釋等，再次手術或多次手術後能夠治癒。Ⅲ、Ⅳ度通過多次手術，可達到正常排尿，尿道口位置相對在龜頭正位；重度尿道下裂合併小陰莖，陰莖發育異常，手術治療效果較差。