蒙脫石散可以緩解慢性腸炎引起的腹瀉，因其可吸附腸道中致病菌毒素，同時不會進入血液循環系統，可連同吸附固定的攻擊因子，隨著消化道自身蠕動排出體外。建議蒙脫石散在餐前服用，可以將藥物加入大約50ml的溫水中，混勻後快速服完，用藥後建議多喝水，避免腹瀉引起脫水，建議每天飲水量至少1500ml。

慢性腸炎腹瀉患者除服用蒙脫石散外，還需要注意改變膳食，避免攝入高纖維食物如部分水果、蔬菜，以及全穀物等纖維含量較高的食物，否則可能會加重腹瀉。還需根據腹瀉程度，考慮是否需使用止瀉藥物如洛哌丁胺、考來烯胺等。對於有腹瀉、腹脹、腹痛的患者，如果小腸細菌過度生長，可能還需再使用抗生素進行治療。