兒童矮小症治療時間需要根據不同原因判斷，如果是生長激素缺乏的兒童發現後需要馬上治療，而特納綜合徵的兒童，也需要儘早開始治療。如果是小於胎齡兒(SGA)引起的持續矮小，在3歲左右開始治療。如特發性矮小，在孩子做檢查比較方便時可以考慮治療，如6-7歲治療較合適。

不要錯過骨骺閉合時間，年齡越小治療效果越好。年齡較大的兒童增長潛力較差，治療效果較差。骨骺如果閉合，即失去治療的機會。男孩骨骺閉合通常在16歲左右，之後生長潛力較差。女孩骨齡在14-15歲時基本骨骺閉合，所以需要儘早治療。如果骨骺閉合，治療機會較少。