矮小症存在幾種類型，如甲狀腺功能低下，尤其是先天性甲狀腺功能低下導致的矮小症，患病兒童智力明顯落後。少見於遺傳代謝疾病，某些物質代謝途徑存在問題，導致各個臟器受累，包括腦受累，會影響智力發育。大部分矮小症不會引起智力方面的問題，智力發育水平與正常兒童一樣。

若兒童存在智力水平問題，學習成績總是倒數，伴有神經系統表現，如抽搐、癲癇等，需要檢查兒童的中樞神經系統及甲狀腺激素水平，尋找智力低下的原因，進行較好的治療。