引起小孩矮小症原因較多，包括遺傳因素、疾病因素、營養因素、體質因素以及社會心理問題等，需明確診斷、對症治療。具體如下：

1、遺傳因素，如家族性特發性矮小症；

2、營養因素，如蛋白質、熱量、維生素、微量元素攝入不足；

3、內分泌疾病，如生長激素缺乏症、性早熟、兒童1型糖尿病、先天性卵巢發育不良、遲發性甲狀腺功能低等疾病；

4、各種慢性全身性疾病如先天性心臟病、哮喘、炎症性腸病等；

5、母親懷孕時胎盤功能異常或營養不良，會引起胎兒宮內發育遲緩，兒童出生以後也會引起矮小症；

6、社會心理性矮小，兒童生長過程中精神、心理受到嚴重創傷，如受過歧視、虐待導致。