矮小症有非常重要的原因，是垂體生長激素分泌不足。垂體是位於大腦正中內分泌最重要的器官，下丘腦和垂體是緊緊挨在一起，所以常規懷疑矮小症時要做下丘腦和垂體的檢測。對垂體和下丘腦檢測最敏感的檢測方法是磁共振，但不是所有的醫院都具有磁共振這樣檢測設備。

如果沒有，可以採用鞍區的CT來進行代替，但分辨率比磁共振略微差一點，不過也可以排除嚴重的下丘腦和垂體的佔位性病變。所以如果沒有磁共振的醫院，可以通過鞍區的CT來排除下丘腦和垂體的嚴重的佔位性病變，和其它原因所導致的下丘腦垂體破壞。