真菌性腸炎最常見的是白色念珠菌感染，多見於幼兒或者老年人，通過大便培養可發現白色念珠菌等。
在臨床上真菌性腸炎會選擇不同藥物，首選藥物是克黴唑。在治療之前，醫生會給患者交代，治療週期和其他急性腸炎有差異。現在也可以選用其它抗真菌藥物，包括伊曲康唑等。
但是，首先必須要明確診斷為真菌性腸炎，給予足療程治療，才能夠真正治療真菌性腸炎。