大部分病人均適合做無痛胃腸鏡檢查，沒有特別明顯的絕對禁忌症，但出現以下情況時需謹慎檢查：

1、急性咽炎患者做無痛胃鏡後，可能有明顯黏膜損傷、出血風險；

2、心肺功能較差、腦出血急性期、特殊的病人，如精神病人，精神病人長期使用精神病藥，麻醉有風險。如果精神病人在可控範圍內，且願意進行麻醉，可做無痛胃鏡；

3、若病人有明顯穿孔，需專業醫生評估是否可以進行腸鏡；

4、心臟附近大血管有動脈瘤，動脈瘤已粘連、壓迫食管，對於這類病人要小心操作，可能會引起動脈瘤破裂，一定要慎重；

5、孕婦通常無需進行這項檢查；

6、常見的腸梗阻或者穿孔，但不能一概而論，因為胃腸鏡一部分功能是檢查，另一部分功能是治療，穿孔和腸梗阻可通過內鏡進行治療。