咽峽炎與手足口病的臨床表現相似，都可以表現為咽部的紅腫以及疼痛並伴有發燒的症狀。但咽峽炎的病變較為侷限，主要集中在咽峽部。手足口病的表現更多，侵犯的器官與組織也更多。

手足口病是由多種腸道病毒感染引起的急性呼吸道傳染病，並以發燒以及手、足、口以及臀部的皮疹、皰疹為典型臨床表現。病情較重的患者可以出現肺炎、心肌炎以及肺水腫等嚴重併發症，需要進行積極的治療。該病主要通過呼吸道傳播，還可以通過間接接觸的途徑傳播。雖然該病主要見於嬰幼兒，但成年人護理患病的兒童時也可能發病。所以手足口病具有傳染性，病人需隔離至皮疹消退才能使傳染性消除。