通常大多數的手足口病患者在發病後1周左右痊癒，而在患者痊癒1周後則基本不具有傳染性，但這時可能還會經糞便排毒，需要注意飯前、便後洗手，不要汙染食物或水源等。手足口病的傳染源包括患者和隱性感染者，病毒主要存在於糞便、鼻咽分泌物和皰疹液中，其中糞便中病毒的排毒時間為4-8周，一般發病後1周內的傳染性最強。患者在發病1-2周內，還會自咽部排出病毒。在患病期間皰疹液中也含有大量病毒，破潰時病毒會溢出，這些病毒可以分佈在周圍環境中或依附在人體，可導致其他人被感染，所以患病期間要對患者進行隔離治療。

手足口病患者如果沒有併發症，通常在1周左右治癒，但此時患者體內病毒仍然有活性，可能感染其他人，另外患兒免疫力還處於較弱的狀態，容易被其它病毒、細菌入侵，感染上其它疾病。因此，患兒全部症狀消失後，應繼續隔離1周，即至少需要隔離2周才可以正常活動。患者患病期間所使用的物品應該徹底消毒，可以用含氯消毒劑浸泡或煮沸消毒，不易煮沸或浸泡的物品應該在陽光下暴曬6-8小時。