醫生建議適齡孩子要去接種手足口疫苗，但目前來說不需要每年都接種，它的免疫期有2-3年。

近年來對手足口病進行疫苗研製，目前市面上已經有手足口疫苗，主要針對有發展為重症病例的EV71腸道病毒感染的疫苗。它的適應症主要是6月至3歲的寶寶，接種時間是一次接種分兩針，即第一針接種之後過28天再接種第二針，疫苗的保護期大概是2-3年，大部分小孩接種一次即可，目前對於是否再做第二次疫苗接種或加強接種沒有確定的說法。

總體來說，手足口疫苗對可能發展到重症病例的手足口病預防效果較好，因為臨床上重症病例主要來源於EV71腸道病毒感染，而疫苗就是針對此型。