手足口病主要是由於腸道病毒感染造成的兒童常見傳染病，以五歲以下的孩子最多見。手足口病常見的病原體是腸道病毒，像柯薩奇病毒、ECHO病毒血清型、腸道病毒71型，以柯薩奇病毒16型和腸道病毒71型最常見。常見傳染源主要是隱性感染者和患病人群，手足口病隱性感染者的比例非常高。

感染了病毒但症狀太輕，或沒有出現任何症狀也沒有出現任何體徵，甚至生化學表現都沒有，只有通過免疫學檢查才發現，叫隱性感染者。隱性感染者雖然沒發病，但攜帶病毒，是傳染源的主力軍，同樣具有傳染性。