性功能障礙最常見的科室是男科，其次選擇泌尿科，再其次選擇大外科以及中醫內科、中醫男科，也可選擇心理科。綜合性醫院有男科的情況下，勃起功能障礙一定要掛男科。如沒有男科，可掛泌尿科，若縣級醫院無泌尿科，只有大外科，就需要掛大外科。中醫院、中西醫結合醫院沒有泌尿科，可掛中醫男科或中醫內科。

特殊的科室也可掛，如焦慮、抑鬱或有其它的情緒障礙，同時出現勃起功能障礙，建議掛心理科或精神科，做詳細的精神心理方面分析，判斷是否因為精神、情緒或心理焦慮、抑鬱等心理問題引起勃起障礙。