性功能障礙是一種神經血管功能的異常，主要是與心理因素具有關係。因此性功能障礙的檢查主要包括兩個方面，首先是陰莖本身的檢查，其次是陰莖以外的因素，就是對於陰莖功能具有影響因素的排除性檢查。具體來講，陰莖本身因為勃起、射精是神經血管的問題，因此要檢查神經、血管的功能情況，如是否有敏感性增高的問題或者是陰莖海綿體動脈供血以及靜脈的問題，如靜脈瘻，需通過檢查排除，可以進行多普勒，陰莖勃起功能監測以及陰莖海綿體的造影排除。
對於陰莖以外產生功能影響的性激素，因為性激素包括雄激素、雌激素等六種激素，任何一種激素出現問題，都會影響患者的性功能和陰莖的勃起功能，因此需要查性激素。另外，也要見查血糖、血脂，因為血糖、血脂出現問題，也會影響陰莖海綿體的血管功能，同時會引起勃起功能障礙，甚至引起不射精。總體來講，性功能障礙檢查包括抽血化驗，內容就是性激素六項、生化檢查。同時要進行陰莖夜間勃起功能監測，排除勃起功能障礙是否存在心理因素導致，並且還要進行陰莖海綿體血管檢查。