治療十二指腸球炎首先應明確患者有無幽門螺桿菌感染。若存在幽門螺桿菌感染，應採用幽門螺桿菌及十二指腸球炎聯合治療，可採用三聯或四聯治療方案根治幽門螺桿菌，以免造成十二指腸球炎復發。治療十二指腸球炎常用藥物為抑酸劑及黏膜保護劑，如奧美拉唑、雷貝拉唑、雷尼替丁，或磷酸鋁凝膠、鋁鎂加混懸液等，建議患者在專業醫生指導下用藥。