十二指腸鏡結構特殊，可到達十二指腸降部，並插入肝膽系統與胰腺系統與腸道連接的接口即十二指腸乳頭，並通過十二指腸乳頭將各種檢查或治療器械插入膽管和胰管，對膽管或胰管進行造影，以發現膽管或胰管的病變，或通過球囊對狹窄的膽管或胰管進行擴張。臨床可在十二指腸鏡下將網籃通過十二指腸乳頭直接進入膽管進行取石，或將十二指腸乳頭切開進行取石。