由於十二指腸鏡是針對十二指腸乳頭及肝、膽、胰部的疾病所設計，因此十二指腸鏡的適應症主要包括肝、膽、胰部的疾病，如十二指腸乳頭疾病及膽胰管狹窄、膽胰管結石以及膽胰管腫瘤等疾病。如臨床中可通過子母鏡觀察膽胰管的病變，十二指腸鏡下通過網籃取出膽胰管的結石，通過球囊擴張狹窄的膽胰管，以及通過乳頭切開刀擴大乳頭等。