十二指腸鏡主要作用為檢查十二指腸疾病以及部分膽胰管疾病，十二指腸鏡經十二指腸乳頭進入膽胰管，通過子母鏡觀察或造影管顯影進行檢查。可檢查出的疾病包括：

1、膽胰管狹窄：可通過十二指腸鏡放入球囊進行擴張；

2、膽胰管癌症：可對其進行激光或注射治療；

3、膽胰管炎症；

4、膽胰管結構改變；

5、膽胰管結石：通過切開刀切開十二指腸乳頭，用網籃取出結石。