非梗阻性無精症通常難以治癒，是由於睪丸的生精功能障礙，導致無法生產精子，精液中無精子但輸精管道通暢，所以稱為非梗阻性無精症。導致非梗阻性無精子症的原因較多，臨床上已知的原因包括隱睪、部分垂體疾病以及克氏徵、卡爾曼綜合徵等先天性下丘腦-垂體-性腺軸疾病，部分染色體異常疾病，如Y染色體微缺失、染色體結構或數量畸形，也可導致睪丸生精功能障礙。

患者通過藥物保守治療或手術方式，也難以恢復睪丸的生精功能。非梗阻性無精子症的患者，希望可以從睪丸中找到精子進行試管嬰兒，但多數患者即便通過顯微取精的方式，也無法找到精子，需通過精子庫供精的方式獲得後代。