男性無精子症要根據病因進行針對性的治療，梗阻性無精子症有兩種治療方法，一種為通過手術使輸精管道重新建立，保持通暢，讓患者後期有精子。另一種為通過附睪或睪丸穿刺來獲得精子，然後做二代試管嬰兒使患者生育後代。

非梗阻性無精子症的患者，首先進行病因治療，如患者有隱睪病史，可早期進行手術治療。如果患者有精索靜脈曲張病史，可進行靜脈曲張手術。通過病因治療，部分患者可獲得精子，但獲得精子數目一般較少，可通過做二代試管嬰兒達到生育目的。特發性無精子症患者，即無精子症原因未明，一般採取經驗性的治療，如進行相關藥物治療。生精週期約為2-3個月，一般進行3個月的藥物治療後複查精液。藥物治療包括生精的中成藥、抗雌激素和改善睪丸循環的藥物，藥物治療後，如果複查精液仍無精子，對於克氏徵或AZFc、AZFd缺失的患者，可做睪丸顯微取精，約50%-60%的患者可找到精子。如果找到精子，可做二代試管嬰兒。若做睪丸顯微取精找不到精子，而患者有生育的意願，可做供精人工授精，即用精子庫精子為女方做人工授精，達到生育目的。