慢性胰腺炎主要需要與下列幾種病變鑑別：

1、急性複發性胰腺炎：急性複發性胰腺炎在發作期，血澱粉酶顯著增高，胰腺分泌功能試驗多為正常。緩解期後，不遺留組織學或胰腺功能上的改變，預後良好。而慢性胰腺炎最終可發展為胰腺功能不全，預後較差；

2、壺腹部及其周圍病變：慢性胰腺炎壓迫膽總管出現梗阻性黃疸時，常與胰頭癌、壺腹部腫瘤、膽總管結石等相混淆。逆行胰膽管造影、B超、CT等檢查有助於鑑別，但有時需剖腹探查才能明確診斷；

3、消化性潰瘍：慢性胰腺炎反覆上腹痛，與消化病的鑑別有賴於病史、胃腸鋇透及胃鏡檢查等。

此外，胰源性腹瀉需和小腸性吸收不良綜合徵相鑑別。D-木糖試驗慢性胰腺炎結果正常，小腸性吸收不良綜合徵則吸收障礙。胰外分泌功能試驗也有助於鑑別。