自然流產的原因分為母體因素和胚胎因素兩方面，胚胎因素包括精子和卵子兩方面。精子異常可以導致流產，如男方存在染色體異常，精子染色體也會異常，這種情況流產概率較高。

染色體核型異常的不同，流產概率也存在差異，比如外周血查染色體是相互易位，這種情況流產概率偏高；比如外周血查染色體核型是羅氏易位，這種情況懷孕後女方流產概率偏低，但存在流產可能。此外，精子DNA碎片率與流產關係也較大，這是近幾年臨床的常規檢查，這個檢查應該常規的應用於臨床。對於複發性自然流產的夫婦，男方有必要做精子DNA碎片率檢查，一旦發現碎片率高，要分析具體原因，給予相應治療。如與精索靜脈曲張有關，通過精索靜脈曲張手術，提高精子DNA的完整性，改變妊娠的結局。