小陰莖的治療比較複雜，屬於男性生殖和內分泌的臨床專業，主要的目的是使陰莖接近正常大小、改善其外觀，使其獲得滿意的性能力。治療的方法主要是根據其具體的病因，可採取性激素或是促性腺激素的激素替代治療。通過激素的替代治療，渴望將陰莖增大到接近正常的範圍，激素治療效果不好的患兒也可以採用手術治療。

兒童生殖器的外觀、大小與種族遺傳、體重等個體差異都有關聯。而且在青春期前，兒童的發育比較緩慢，所以兒童的生殖器略小並不意味著有病理性的疾患，也不需要積極的治療，可以密切觀察。臨床上診斷陰莖短小有著嚴格的定義，它是指陰莖的長度小於該年齡組平均值的2.5個標準差。

另外，隱匿性陰莖、蹼狀陰莖的陰莖外觀看起來也會比較短小，這種情況可以用手術治療來糾正。總之，如果發現兒童陰莖發育明顯短小或合併其它異常，需要及時就醫。