小兒包皮過長是一種比較常見的情況，主要的不良影響是可能會帶來局部的感染和炎症，也就是包皮龜頭炎，由於包皮過長，往往包皮上翻困難，不利於包皮和龜頭局部的清洗，導致尿液容易積存在包皮和龜頭的表面，其產生的皮脂分泌物和脫落的表皮也不容易清洗，這樣就會形成包皮垢。如果較多的包皮垢積存，就很容易導致細菌和其它病原微生物的繁殖，從而誘發包皮龜頭炎，甚至泌尿系統的逆行感染。

此外，比較嚴重的炎症或是反覆發生的炎症有可能會導致尿道外口受到累及，甚至出現狹窄，包皮過長形成局部長期的刺激，還有罹患陰莖腫瘤的風險，但這種概率很低，需要指出的是包皮過長和成人時勃起功能障礙、早洩等疾病沒有關聯，如果小兒出現和包皮過長相關的症狀，建議及時到醫院就診。