隱匿性陰莖是指陰莖體大部分藏於體內，外部僅露部分龜頭或較小包皮尖。因陰莖的肉膜發育異常，肉膜與陰莖體脫離，陰莖體將肉膜、皮膚組織向後推，此種情況下，陰莖較短小，但勃起時可帶出部分陰莖。隱匿性陰莖與小陰莖也有區別，小陰莖體本身發育不佳，隱匿性陰莖的陰莖體發育無問題，主要是肉膜發育異常，此種情況無法按照單純包皮處理，若單純進行包皮環切，則勃起後皮膚不夠，此種情況需進行陰莖延長術加包皮環切治療。